앞으로 고가 1주택자가 장기보유특별공제를 받기 위해선 2년 이상 거주해야 한다. 조정대상지역 일시적 2주택 중복보유 허용기간은 현행 3년에서 2년으로 단축됐다.

1주택 이상을 보유한 1세대가 조정대상지역에 새로 취득한 주택은 임대등록을 해도 양도세가 중과된다. 등록 임대주택 양도세 감면 가액기준은 공시가격 수도권 6억원, 비수도권 3억원 이하 주택으로 신설됐다.

정부는 '9·13 주택시장 안정대책'에 따라 16일 국무회의에서 이같은 내용의 소득세법·종합부동산세법·조세특례제한법 시행령 개정안을 의결했다고 밝혔다. 개정안은 지난달 14일분부터 소급해 적용될 예정이다.

개정안은 1세대 1주택자에 대한 특례를 실수요자 중심으로 개편하고 주택임대사업자에 대한 과도한 세제혜택을 조정하는 내용이 핵심이다.

우선 고가(실거래가 9억원 초과) 1주택자 장기보유특별공제 요건을 강화한다.

현재는 거주기간 요건 없이 보유기간에 따라 최대 80% 이상 공제를 적용했으나, '2년 이상 거주한 경우'로 개정했다. 2년 미만 거주했을 경우 일반 공제(15년, 최대 30%)를 적용한다.

해당 시행령은 1주택자의 신뢰이익 보호를 위해 1년 적용유예 기간을 설정, 2020년 1월1일 이후 양도하는 분부터 적용한다. 

조정대상지역 일시적 2주택 중복보유 허용기간은 단축했다. 이전에는 일시적 2주택자는 신규주택 취득 후 3년 이내 종전주택을 양도하면 양도세가 비과세됐다.

하지만 앞으로는 조정대상지역 일시적 2주택자는 신규주택 취득 후 '2년 이내'에 종전주택을 양도해야 양도세 비과세 혜택을 받는다. 이는 지난달 14일 이후 취득 분부터 적용된다.

조정대상지역 신규취득 임대주택 양도세는 중과된다. 이전에는 조정대상지역 다주택자가 8년 장기 임대등록 주택(공시가격 수도권 6억원, 비수도권 3억원 이하)을 양도하면 양도세 중과에서 제외됐다.

하지만 개정안에 따라 1주택 이상을 보유한 1세대가 조정대상지역에 새로 취득한 주택은 임대등록시에도 양도세가 중과된다. 2주택의 경우 일반세율+10%p, 3주택 이상은 일반세율+20%p다.

조정대상지역 신규취득 임대주택에 대한 종부세도 과세된다. 이전에는 8년 장기 임대등록한 주택(공시가격 수도권 6억원, 비수도권 3억원 이하)에 대해 종부세가 면제됐으나, 앞으로는 1주택 이상을 보유한 1세대가 조정대상지역에 새로 취득한 주택은 임대등록시에도 종부세 합산 과세를 한다.

등록 임대주택 양도세 감면 가액기준은 신설됐다. 이전에는 주거전용면적 85㎡이하, 수도권 밖 읍·면지역은 100㎡이하 등 등록 임대주택에 대해 양도세가 감면됐으나, 앞으로는 임대개시시 공시가격 수도권 6억원, 비수도권 3억원 이하 주택에 한해 적용된다.